Die Thomaskirche wurde auf dem Grund der im Jahre 1482 abgebrochenem Marktkirche gebaut und wurde 1496 durch den Merseburger Bischof "Thilo von Trotha" mit einer spätgotischen Hallenkirche eingeweiht. Der Kirchenturm bekam bis 1702 seine Gestaltung, seit dem hatte sich an der Architektur nichts geändert. In den Jahren 1212 bis 1222 wurde die ältere Marktkirche zur Stiftskirche der Augustinerchorherren umgebaut. Im Laufe der Jahrhunderte bekam die Thomaskirche einige Zusätze und Umbauten. Am 04. Dezember 1943 entstanden durch einen Luftangriff am Kirchenturm Schäden. Die im 17. Jahrhundert gebauten Kapellenanbauten und eine ganze Nordfront des Langhauses bestimmender Vorbau mit zwei Treppenhäusern wurden Ende des 19. Jahrhunderts wieder entfernt. Die gesamte Ausstattung der Barockzeit, in der Zeit wo "Johann Sebastian Bach" wirkte, wurden entfernt, seit dem zeigt sich die Thomaskirche im Inneren im neugotischen Stil. Das Dach der Kirche besteht aus einen farblich abgesetzten Kreuzrippengewölbe, darüber befindet sich eines der steilsten Giebeldächer Deutschlands mit einer Höhe von 43 Metern und einem Neigungswinkel von 63 Grad. Im Jahr 1993 wurde das Pauliner-Altar der um 1968 gesprengten Paulinerkirche am Augustusplatz  gerettet und in diese Kirche eingebaut. Auf der Orgel des romantischen Instrument von "Wilhelm Sauer" aus den Jahren 1885 bis 1889, waren die Werke von "J. S. Bach" nur schwer wiederzugeben. So wurde die ältere Orgel um die Wende durch eine neue an der Nordwand angebracht, deren klanglicher Charakter besser geeignet für Bachs Musik ist. Im Jahr 2012 wurde das 800. Bestehen der Thomaskirche mit 365 Veranstaltungen gefeiert.