Im Jahre 1542 wurde auf dem ehemaligen Klostergarten, nördlich der späteren Universitätskirche, ein Arzneipflanzengarten angelegt. Er entwickelte sich zu einem Botanischen Garten weiter und ein richtiger Apothekergarten fehlte in den letzten Jahrzehnten der Universität Leipzig. Am 01. Juni 2001 wurde der Apothekergarten, unweit vom Botanischen Garten, auf einer Fläche von 3000 m² und mehr als 300 Arzneipflanzen eingeweiht. Hier finden sich typische Heil- und Giftpflanzen und alle heute in der Phytomedizin verwendeten Pflanzenarten, die noch erforscht werden müssen oder von historischer Bedeutung sind. Der Apothekergarten dient der Ausbildung von Studenten, der Weiterbildung von Apothekern, Biologen und Ärzten, aber auch interessierten Bürgern. Dieser Garten ist mit einer Pergola in zwei Teile geteilt, im Hauptteil finden sich Pflanzen auf Beeten, welche nach Inhaltsstoffen und Anwendungsgebieten angeordnet sind. In der Mitte verläuft ein kleiner Kanal im historischen Teil befindet sich ein Springbrunnen. Am Rande des Gartens finden sich neben Sitzbänken auch Schautafeln, welche zu den ausgestellten Pflanzen über die Inhaltsstoffe, Vorkommen, Wirkweisen und Anwendungsgebieten informieren.