Die Leipziger Mühlgräben wurden zum Anlegen von Mühlen angelegt. Wenig später nutze man sie auch zum fischen und für den Bootsverkehr. In den 1940er Jahren wurden sie durch ungeklärter Industrieabwässer verseucht. Man musste was dagegen machen, dass die Bürger den Gestank nicht mehr ertragen müssen und so wurde zuerst in den Jahren 1951 bis 1956 auf über drei Kilometer der Pleißemühlgraben verrohrt und trockengelegt. Danach musste auch der Elstermühlgraben dran glauben musste. Dabei gingen rund fünf Kilometer interstädtische Flusslandschaft verloren. Nach der Wende sammelten sich Bürger, Architekten und Künstler zusammen und holen seitdem die beiden Mühlgräben wieder ans Licht.

WUNDTSTRASSE - Der Pleißemühlgraben in der Wundstraße zwischen Kurt-Eisner-Straße und Mahlmannstraße ist noch verrohrt, während der Abschnitt zwischen Mahlmannstraße und Dufourstraße bereits Anfang der 1990er Jahre geöffnet wurde. Der freigelegte Abschnitt führt bis in Höhe der Braustraße. Im nördlichen Bereich war es einmal angedacht, einen kleinen Hafen zu entwickeln. Nach neusten Planungen wird der Pleißemühlgraben normal bis zur Dufourstraße geführt und erhält Anschluss am bereits freigelegten Flussbett.

GRASSISTRASSE - Mit einem Workshop, welcher im April 2002 begann, beteiligten sich Schüler, Studenten und Anwohner an der Gestaltung des neuen Flussbetts zwischen Paul-Gruner-Straße und Wundtstraße. Das KAOS-Kinderatelier stellte zwei Vorschläge vor, welche mit einem Sonderpreis ausgezeichnet wurden. Sie sahen einen Wasserspielplatz am Pleißemühlgraben vor, welcher später dann auch umgesetzt wurde. Erstmals wurde der Pleißemühlgraben in seinem nicht historischen Verlauf wiedererrichtet. Die DBU (Deutsche Bundesstiftung Umwelt) finanzierte mit 1 Millionen Mark die Freilegung des Pleißemühlgrabens an der Grassistraße mit.

SIMSONSTRASSE/LAMPESTRASSE - Die Straße mit zwei Namen und könnte laut Niels Gormsen die schönste Straße Leipzigs werden. Westlich heißt sie Simsonstraße und östlich Lampestraße. In der Mitte des Straßenzugs floss bis in die 1950er Jahre der Pleißemühlgraben durch. Über ihn führten drei Brücken (Mozartstraße: Mozartbrücke/Gewandhausbrücke, Haydnstraße: Haydnbrücke und Robert-Schumann-Straße: Robert-Schumann-Brücke) und mit seiner Freilegung in den nächsten Brücken erhält die ehemalige Gewandhausbrücke ihren alten Namen zurück. Die Brücken sollen im Musikviertel an diese Komponisten erinnern. Der 340 Meter lange Abschnitt würde geschätzte 4 Millionen Euro kosten, dazu kommen weitere 2 bis 4 Millionen Euro für umliegenden Umbau und die Verlegung von Fernwärmeleitungen und anderen Versorgungsleitungen. Daher soll dieses Teilstück wie viele andere auch von privaten Spenden finanziert werden. Ein Hamburger, welcher sein Haus an einer dieser beiden Straßen hat, hatte bereits rund 100.000 Euro gespendet. Neben seinem historischen Verlauf, soll er auch seine alten Ufermauern zurückerhalten. Auf beiden Seiten entstehen Baumalleen und Fußwege mit Blick aufs Wasser. Auch die Simson- und Lampestraße sollen ihren historischen Charakter behalten und neugepflastert werden.

MENDELSSOHNUFER - Das Mendelssohnufer befindet sich am Pleißemühlgraben zwischen Beethovenbrücke und Mozartbrücke. Östlich des 75 Meter langen Flussbetts befindet sich wieder eine historische Ufermauer aus Bruchsteinen, während auf der westlichen Seite ein Ufer dominiert. Über 4 Stufen, welche vom Rasen begleitet werden, gelangt man zum Wasser. Auf den Stufen befinden sich braune Holzkästen, welche in verschiedenen Positionen angeordnet sind. Diese stellen die ersten Takte des Violinkonzertes e-Moll von Felix Mendelssohn Bartholdy dar. Westlich der noch nicht existierenden Mozartbrücke (damals Gewandhausbrücke) befindet sich eine Büste von Mendelssohn. Die Bauarbeiten an der Freilegung begannen im Herbst 2006 und konnten im Juni 2007 abgeschlossen werden. Zur Eröffnung des Mendelssohnufers im Juni 2007.

HARKORTSTRASSE - Zwischen der Beethovenstraße und Karl-Tauchnitz-Straße wurde dank des Leipziger Bundesverwaltungsgerichts und der Allianz-Umweltstiftung München, welche Größenteils spendeten, der Pleißemühlgraben freigelegt. Vor dem Haupteingang des ehemaligen Reichsgerichts wurde das Flussbett durch eine breite Brücke unterbrochen. An dieser Stelle war erst ein Ufer geplant, doch die Richter spielten nicht mit und wollten ihre Finanzierung rückgängig machen, und später am Simsonplatz (Mendelssohnufer) verwirklicht wurde. Dafür entstand ein Anlegesteg gegenüber der neuen Fritz-von-Harck-Anlage, welche vom Nonnenmühlwehr, das zehn rote Wasserräder mit verschiedenen Mustern hat, unterstützt wird. Den Pleißemühlgraben überbrücken neben der Brücke vor dem Haupteingang eine weitere in Höhe der Wächterstraße und Dimitroffstraße. Am östlichen Ufer wurde das Flussbett durch neun Lichtmasten, welche nachts blau leuchten, ergänzt.

MARTIN-LUTHER-RING - Entlang des Martin-Luther-Rings zur Rudolphstraße wird es mit einer Freilegung schlecht. Denn damals war das Flussbett recht breiter als sie heute nach der Freilegung sind. Daher wird aufgrund der vielen Fahrspuren vermutlich nur eine kurze Freilegung geben und der vordere Fluss fließt unterirdisch weiter. Bis zur Otto-Schill-Straße wurde der Pleißemühlgraben bereits geöffnet. Über ihn führen die Brücke Alter Amtshof und Dorotheenbrücke (Otto-Schill-Straße).

DITTRICHRING - Weiter geht es von der Dorotheenbrücke zur Dresdner Bank. Dieser 202 Meter lange Abschnitt wurde vor einigen Jahren freigelegt. In Höhe der stadtwärtigen Haltestellen Thomaskirche befindet sich das Thomasufer, südlich davon führt eine Brücke ins Gebäude der Dresdner Bank. Auf Grund der niedrigen Brücken muss es wohl eine Wasserabsenkung geben, um erstmal mit einem Boot durch die sehr niedrigen Brücken zukommen. Ein weiterer Abschnitt, welcher 280 Meter lang ist, zwischen Gottschedstraße und Käthe-Kollwitz-Straße soll in den nächsten Jahren freigelegt werden. Dieses Flussbett soll neben seinen historischen Ufermauern, auch 9 Brücken bekommen, welche Zugang zu den angrenzenden Gebäuden ermöglicht. Im Jahre 1898 wurde dieser Abschnitt mit der Möller'schen Gurtträger-Beton-Konstruktion abgedeckt. Diese war extra für einen schweren Lastverkehr entwickelt worden. Auf Grund von Problemen der Standhaftigkeit dieser Überwölbung soll 2011 der Pleißemühlgraben auf diesem Abschnitt neuüberdeckt werden. An einer gleichzeitigen Freilegung des Pleißemühlgrabens wurde jedoch nicht gedacht.

NAUNDÖRFCHEN/GOERDELRRING - Noch ist unklar, ob man den Pleißemühlgraben am Naundörfchen wieder freilegt oder ihn am Goerdelerring in Szene setzt. Wo sich heute der verrohrte Mühlgraben befindet, hat die Hauptfeuerwache Leipzig sich einen Platz eingerichtet. Am Flussbogen könnten außerdem wie im Mittelalter wieder Häuser entstehen. Die Hauptfeuerwache will ihren Platz jedoch nicht hergeben, da sie ihn dringend benötigt. Daher wird als Alternative vorgeschlagen, den Pleißemühlgraben von der Käthe-Kollwitz-Straße nördlich am Goerdelerring um zu verlegen und zur Rosentalgasse zuführen.

ROSENTALGASSE - Südlich der neuen Angermühlbrücke unterquert der Pleißemühlgraben den Ranstädter Steinweg und führt am Naturkundemuseum vorbei zur Rosentalgasse. Leider wird es an dieser Stelle kein Zusammentreffen mit dem Elstermühlgraben geben, da beide Gewässer unterschiedliche Wasserpegel haben. Jedoch gibt es einen Abfluss zum Rosentalwehr. Auch der genannte Abschnitt ist verrohrt und wird in den nächsten Jahren nicht geöffnet. Zwischen Rosentalwehr (Wasserkreuz) und Humboldtstraße würde sich das Flussbett mitten in der Rosentalgasse befinden. Man hofft von den umliegenden Anwohnern auf eine Finanzierung der Freilegung.

ROSENTAL/ZOO - Am Rosentaltor unterquert der Pleißemühlgraben die Emil-Fuchs-Straße, welche von 2010 bis 2011 ausgebaut wird, und bewegt sich in Richtig Zoologischen Garten und trifft dort mit der Parthe zusammen. Jedoch mündet er dort nicht, sondern fließt weiter durch den Zoo und das Rosental und mündet im Norden in die Weiße Elster. Dieser Abschnitt ist offen geblieben, welchen man jedoch nie befahren werden können, da die Zufahrt in den Zoo verboten ist.