Der Hochwasserschutz spielt in Leipzig eine große Rolle. Diese Stadt wurde an der Elster, Pleiße und Parthe gegründet. Sie wird durch viele große und kleine Gewässer durchstreift. Besonders der Auenwald war durch große Überschwemmungen geprägt, was einen Auwald auch ausmacht. Um zu verhindern, das auch bewohnte Gebiete überflutet werden, wie es ein Hochwasser im Jahre 1954 in Leipzig zeigte und unter anderem der südwestliche Stadtteil Schleußig, welcher umgeben von Wasser ist, unter Wasser stand, wurden Deiche gebaut und Flüsse geteilt oder um verlegt. Der Wasserknotenpunkt Leipzigs lag damals am Zoologischen Garten, heute am Palmengartenwehr. Zur Wasserregulierung entstand das Elsterflutbett, welches östlich an Schleußig vorbeiführt. Mehrere Wehranlagen auf der südlichen Weißen Elster stellen nicht nur eine Verhinderung für Paddler dar, sondern auch für ein Hochwasser. Dazu wurde 1913 das Elsterbecken zwischen oberes und unteres Elsterwehr gebaut, welches bei Hochwasser eingesetzt wurde. Da das Hochwasserbecken mit einer Tiefe von 1,50 Metern ausgebaut wurde, heute Größenteils mit Schlamm gefüllt ist, kann es nicht wirklich mehr zum Hochwasserschutz eingesetzt werden. Dazu soll die Alte Elster wieder ihren teils historischen Verlauf finden. Dieser verläuft am Palmengartenwehr östlich zum Schreberbad, von dort zum Waldplatz, entlang des Fuß- und Radwegs an der Friedrich-Ebert-Straße zum zur Red Bull Arena und mündet im Leutzscher Holz in die Weiße Elster, wo auch ein Zusammenfluss mit dem Elstermühlgraben stattfindet. Eine Realisierung ist nach 2015 geplant.

Zum Hochwasserschutz dient auch die Freilegung des Elster- und Pleißemühlgrabens. Sie wurden teilweise in den 1950er Jahren verrohrt und werden seit Anfang der 1990er Jahre wieder freigelegt. Das erste Stück des Mühlgrabens war der Pleißemühlgraben an der Wundtstraße. Er soll in seinem teils historischen Verlauf wieder an die Erdoberfläche geholt werden und zum Bootsverkehr einladen. Auch der Elstermühlgraben wird zurzeit freigelegt und stellt eine Verbindung zur geplanten Wiedererrichtung der Alten Elster und des Elstermühlgrabens am Rosental dar. Ein weiterer Fluss zum Hochwasserschutz ist die Neue Luppe, welche ein Nebenfluss der Kleinen Luppe und Weißen Elster ist.

Am südlichen Ende des Elsterflutbetts, am Teilungswehr Großzschocher mit der Weißen Elster, ist auch das Elsterhochflutbett vorhanden, welches in Richtung Knauhain durch die Brückenstraße am Cospudener See vorbeiführt und vor dem Elsterstausee mündet. Ein weiteres Hochflutbett hat die Pleiße im südlichen Auenwald, welches in der Nähe einer Gaststätte am Hakensee zur Koburger Straße verläuft und an der Bundesstraße B2 wieder in die Pleiße mündet. 2010 gab es einen harten Winter in Leipzig und so wurde das Elsterhochflutbett genutzt und sorgte für eine Überschwemmung der Brückenstraße, die zeitweise für den Autoverkehr gesperrt werden musste. Dazu folgte im August ein weiteres Hochwasser in Leipzig. Geplant ist es, dort eine Brücke für den Autoverkehr, welche die einzige Verbindung zwischen Großzschocher und Markkleeberg sowie zum Cospudener See ist, zubauen. Sodass das Wasser bei Hochwasser weiterhin ohne Störung des Verkehrs fließen kann. Zwingend ist der Bau jedoch nicht, wenn bis 2013 der teils historische Floßgraben zwischen Waldsee Lauer, entlang des Ostufers am Cospudener See zum Zöbigker Hafen, und Zwenkauer See entstehen soll.

Hochwasser - Dank dem Bau von Flussverlegungen, Wehranlagen und Deiche konnte man in den letzten Jahrzehnten ein Hochwasser in der Messestadt verhindern. Das letzte große Hochwasser fand im Jahre 1954 statt. Nach tagelangen Regenfälle kam am 10. Juli 1954 in Leipzig das Hochwasser an. Viele Häuser, welche an der Weißen Elster lagen, mussten geräumt werden. Auf Grund der starken Wassermengen drohten Brücken über die Elster einzustürzen. Der Leipziger Westen war Größenteils von den anderen Stadtteilen abgeschnitten. Die Anwohner im Hochwassergebiet wurden durch Sonderverkaufsstellen vom KONSUM und HO-Kaufhalle versorgt. Zwei Tage später, am 12. Juli 1954, erreichte das Hochwasser seinen Endpegel und sank wieder. Das Hochwasser von 1954 hinterließ eine Zerstörung. Das Hochwasser hätte verhindert werden können, wenn das Palmengartenwehr damals nicht versagte. Ein weiteres Hochwasser fand im Februar 1909 statt. Nach dem Hochwasser im August 2002 in Sachsen, insbesondere in Dresden, wurden neue Hochwasserschutzkonzepte erarbeitet. Im August 2010 droht das nächste Hochwasser in Sachsen. Zum Hochwasser im Elsterhochflutbett.